唐高祖听后大怒，托言他事以亲笔诏书召李建成前来仁智宫。李建成见手诏后，因心怀鬼胎而恐惧万分，不敢应召前往。太子舍人徐师谟劝其据城起兵，詹事主簿赵弘智劝其轻车简从，前往认罪。李建成听从赵弘智的劝告，率十余骑兵到达仁智宫，向唐高祖叩头认罪，高祖怒气未消，夜间“饲以麦饭”,令人将李建成看守起来。
同时，派司农卿宇文颖急驰召杨文干来仁智宫。宇文颖到达庆州后以实情相告，杨文干于是起兵造反，高祖派左武卫将军钱九陇与灵州都督杨师道率兵进击。
唐高祖派李世民向往讨伐，说道： “文干事连建成，恐应之者众，汝宜自行，还，立汝为太子。吾不能效隋文帝自诛其子，当封建成为蜀王。蜀兵脆弱，他日苟能事汝，汝宜全之；不能事汝，汝取之易耳!"李世民讨伐杨文干时，嫔妃们以及封德彝为李建成说情，高祖又改变了另立太子的主意，只是责怪李建成不应该“兄弟不睦”,归罪于太子中丞王珪、左卫率韦挺、天策兵曹参军杜淹，将他们一并流放到隽州，此事便不了了之。