[25]是用来制定各宗派寺院的本末关系、寺院与信徒的依从关系、僧侣职位等级、净财的募化、新寺的建设等对寺院制约所设立的法令规章。德川氏先后颁布比叡山法度、永平寺法度等，将佛教纳入他的封建政权体系中。
[26]是将全国每个国民都归属在寺院中，每人选择一宗的一寺，并自为檀那，负有维持寺院的费用开支及寺院住众生活的责任。反之，僧侣具有户籍公证之权，凡檀那家遇结婚、生产、死亡等事，均需由所属寺院开立证明。其实建立此制的最初目的是为肃清基督教的势力。
[27]为防制外来文化思想，具体表现日本民族传统文化，日本神道应时复兴，尤在江户末期，神道教于政治上的需要较宗教上的需要更为殷切，而成为当时政教混合的主流。
[28]因受日本“本地垂迹说”，揭示神祇为佛陀所化现，因此各种神祇乃至一切由人而成的佛，均被视为佛菩萨的变化身，故而推论神祇即佛陀，神佛一体。因此，佛教已经成为神道的一部分，神道也列入佛教体系之内，方有尔后“神佛分离令”的实施。明治元年，朝廷颁布“神佛分离令”，要求恢复任命神祇官，全国神社与佛教分家，并禁用佛语称呼神号，禁供佛菩萨像及禁用木鱼、梵钟等佛具，神社中着僧服的神职人员恢复神职服饰，神社自行独立，脱离佛教系统。