天宝以前，传摩尼教至中国者，主要是波斯、吐火罗等中亚、西亚国家；至德以后，使摩尼教在中国广泛传播者则为回鹘。摩尼教传入回鹘，应当和传入中原的时间相去不远。当唐人禁断摩尼教时，在回鹘则臣君上下，一致尊奉，成为国教。安史之乱时，唐政府曾两借回鹘兵平叛，所以唐廷亦解除禁令，准许摩尼教在内地传布。从大历三年（768年）批准在长安为回鹘建摩尼寺，名曰“大云光明寺”[66]，到大历六年（771年），又下敕在荆、扬、洪、越等州各置大云光明寺一所，[67]至元和二年（807年）又在河南府、太原府置摩尼寺三所。[68]摩尼教从京师长安扩展到今山西、河南、湖北、江西、江苏、浙江等广大地区，成为仅次于佛教的外来大宗教。在回鹘派来唐朝的使团中，常常有许多摩尼教徒同行，如元和十二年（817年），回鹘遣摩尼8人至；[69]长庆元年（821年）五月，回鹘宰相、都督、公主、摩尼等573人，入朝迎公主；[70]唐政府曾于贞元十五年（799年）四月，以久旱令摩尼师祈雨。[71]
唐武宗时，回鹘汗国解体，摩尼教和景教、祆教、佛教等外来宗教同时遭到禁断，各地的摩尼教寺院被关闭，财产没收，甚至还有在京城的女摩尼72人死的情况，外国教徒送远处收管。[72]遭此打击，摩尼教由公开活动转入秘密传教。