这种骇人的卫生习惯，果如他的父亲所预料，使他老是患病。在他的信札中，人们可以看出他生过十四或十五次大病。他好几次发热，几乎要死去。他眼睛有病，牙齿有病，头痛，心病。他常为神经痛所苦，尤其当他睡眠的时候；睡眠对于他竟是一种苦楚。他很早便老了。四十二岁，他已感到衰老。四十八岁时，他说他工作一天必得要休息四天。他又固执着不肯请任何医生诊治。
他的精神受到这苦役生活的影响，比他的肉体更甚。悲观主义侵蚀他。这于他是一种遗传病。青年时，他费尽心机去安慰他的父亲，因为他有时为狂乱的苦痛纠缠着。可是米开朗琪罗的病比他所照顾的人感染更深。这没有休止的活动，累人的疲劳，使他多疑的精神陷入种种迷乱状态。他猜疑他的敌人，他猜疑他的朋友。他猜疑他的家族、他的兄弟、他的嗣子，他猜疑他们不耐烦地等待他的死。