《四库全书》按照传统的经史子集四部区分类聚，经部位列四部之首，收录的是儒家经典以及历代注经之作。史部收录了有关历史、地理、职官、政事、人物传记等方面的著述。子部书籍，源于春秋战国的诸子百家，正如《四库全书总目》所云：“儒家之外有兵家，有法家，有农家……叙而次之，凡十四类。”集部则主要收录历代文学家的总集、别集以及诗文评论一类的著述。它把历代文献井然汇聚于一堂，特别对中国古代学术文化主体的儒家学说，进行了较为完整的整理和总结，为弘扬民族文化、传播古代文化作出了重要贡献。可以说，《四库全书》作为国家正统、民族根基的象征，已经成为中国乃至东方读书人安身立命的圭臬。
《四库全书精华》在保留四库的风格、韵味的基础上，在卷帙浩繁的四库书海中细心拾撷，精选篇目，按照经、史、子、集的四部编排法，进行了有重点、有选择地收入，力求既突出四库的博大、精深，突出它的历史厚重感和凝重感，又基本上不遗漏各家代表作。经部立足于儒家的四书五经；史部收录了《史记》、《汉书》、《后汉书》、《资治通鉴》、《国语》、《战国策》中的部分章卷；子部选录了道家、兵家、纵横家等派的代表性著作；集部由《楚辞》开头，继以诗、词、曲为代表的文艺创作。为了满足现代读者的阅读需求，编者尽力压缩“钦定”的内容，提高诸子及文学艺术作品的地位和分量，以期本书能成为中华文明的完整缩影。