1521年3月，他们终于又一次看见陆地。麦哲伦把这个地方命名为“盗匪之地”，因为当地的土著居民看见什么偷什么。之后，他们继续西行，离他们梦寐以求的香料群岛越来越近。
他们再次看见了陆地。这是由一群孤独岛屿组成的群岛。麦哲伦用他的主人查理五世的儿子菲利普二世的名字，给这里取名为“菲律宾”。但是菲利普二世在历史上并没有留下什么光彩愉快的记录，西班牙“无敌舰队”的全军覆没恰恰是他的手笔。在菲律宾，麦哲伦一开始受到了友好热情的接待，但是当他准备用大炮逼迫当地居民信奉基督教时，他受到了反抗。土著们杀死了麦哲伦与他的很多船长船员。幸存的海员烧毁了剩余三艘船只中的一艘，继续往西航行。他们最终到达摩鹿加，也就是著名的香料群岛。他们还发现了婆罗洲（即今天的印尼加里曼丹岛），抵达了蒂多尔岛。在此，剩余的两艘船中的一艘因为漏水严重，只能连船员一起留在当地。唯一幸存的“维多利亚”号在船长塞巴斯蒂安·德尔·卡诺的带领下，开始穿越印度洋，很惋惜地错过了发现澳大利亚北部海岸的机会（直到17世纪初期，一艘荷兰东印度公司的船只才发现了这片平坦荒芜的土地）。最后，历经艰辛，他们返回了西班牙。