督军团的闹腾,使大总统黎元洪也觉有失面子。9月29日,黎发布训令,责“少数之人,每囿一偏之见,或阻众集议,凌轶范围;或隐庇逋亡,托名自固,甚且排斥官吏,树植党援。假爱国之名,实召亡之渐。盱衡时局,良切隐忧”;希望他们“幡然自省,若仍不顾大局,一意孤行,国法具存,公论胥在,本大总统为捍卫国家计,亦不能不筹所以善其后也。”
由于社会各界的强烈反映及国会议员提出查办张勋案,段祺瑞也不能不有所表示,对张勋和督军团有所告诫;加之张勋与冯国璋因江苏督军之争本有心结,而张勋以督军团名义之跋扈,对冯出任副总统之反对,也使冯颇为不满。9月下旬,督军团发出反对唐绍仪任职的通电,倪嗣冲未得冯国璋等允可,即代其列名,冯国璋即以此为由,联合与其亲近的江西督军李纯和湖北督军王占元,在10月上旬通电声明与己无关,实际脱离了督军团的活动。其后,新任直隶督军曹锟和山西督军阎锡山也退出督军团的活动,使督军团和张勋干政的势头有所收敛。
但是,政治盟友的组合在后袁时期可谓变动不居,并无常形。徐树铮和孙洪伊被免职后,府院之争状似缓解,实则仍存,黎元洪以国会,尤其是前国民党议员为援,不时给段祺瑞制造难堪;段祺瑞则筹谋解散国会,赶走黎元洪,以从根本上解决问题。出于北洋系军人党同伐异的派系特性,段祺瑞和冯国璋在这个问题上的意见基本一致,而督军团和张勋又是他们可以利用和依靠的重要力量,因此,冯国璋和张勋间的不和很快又有所化解,督军团的活动在一度收敛之后复又开始活跃。