据史料记载，1938年8月前后，广州地区很多学校在爆炸声中撤离。
然而，培英中学敏锐地预判了形势，比其他很多学校提前了一年，1937年秋季开学前即举校撤离。
1938年，广州培英西关分校南迁澳门，在澳门有关部门和人士的协助下办学。
广州培英正校南迁香港，找到香港培英学校。香港培英学校位于沙田，也是那夏礼博士创办的教会学校。香港培英学校对南逃的广州培英正校伸出援手，决定两校合办。但由于原校舍狭小，无法容纳这么多师生，于是，两校租用当地的简陋旧屋作为课室。
然而，香港也非安全之所。两校合办4年后的1941年12月7日，日军偷袭珍珠港，太平洋战争全面爆发。8日凌晨，日军主力在炮军、空军、海军的配合下，向香港发起了猛烈进攻。香港培英小学部停办，中学部迁至澳门，与南迁的西关分校合办。迁到澳门后，培英中学师生依旧提心吊胆，时刻准备继续迁徙，但庆幸的是，与香港近在咫尺的澳门绝处逢生，没有遭受日本侵略军的蹂躏。